La mise en oeuvre de Natura 2000 s'est faite à travers plusieurs étapes : l'acquisition de connaissances, la définition d'objectifs et la mise en place d'actions.
Ces étapes ont été menées dans le cadre d'une concertation. Le choix de la France a en effet été de privilégier une démarche concertée et un engagement volontaire dans la gestion des sites. C'est de cette façon que c'est monté le programme d'actions du site Natura 2000 de Guissény et que se poursuit sa mise en application.
Afin d'atteindre les objectifs fixés dans le Document d'Objectifs du site de Guissény, un plan de gestion annuel est mis en place sur le site. Des travaux et interventions sont ainsi régulièrement programmés.